The BioGRID interaction database: 2019 update
BioGRID(Biological General Repository for Interaction Datasets)生物互作数据库
生物相互作用网络是由大量的单一蛋白质或遗传相互作用和RNA，DNA，膜、碳水化合物和小分子代谢物的相互作用是基因的理解-表面关系和所有细胞功能的基础。生物网络被用来促进药物靶点的选择，解释耐药性或脱靶效应，为靶向治疗和个性化药物奠定基础。
BioGRID（BioGRID：https://thebiogrid.org）通用生物互作资源数据库致力于生物物种和人类蛋白质、遗传和药物相互作用的管理和存储
一、BioGRID****数据库和现阶段存储的数据
图表数据库中各物种的蛋白质相互作用（PI）和基因互作（GI）数据更新：
image.png1.BioGRID数据逐年增长：
image.png2.BioGRID相关项目
最近，BioGRID与生物医学数据翻译器支持的小组合作开展了两个新的主题项目(见https://ncats.nih.gov/translator）。
在一个项目中，BioGRID整合与FA途径相关的相互作用，这有助于介导DDR，并与多种人类癌症有关。FA专家协商后，BioGRID汇总了53个DDR这些基因和20个已知基因的核心清单FA核心基因是相关的，最初是由人类患者的基因互补组定义的。以这些基因列表为切入点，从2200多个出版物中规划了12960种相互作用。
第二个与生物医学数据翻译相关的新主题项目侧重于年轻人成熟期糖尿病（MODY），这是一种常染色体遗传性疾病，其特征是胰腺细胞的遗传缺陷损害胰岛素的产生（48）。目前，有14基因和各种基因MODY亚基因有四个（HNF1A，HNF4A，HNF1B和GCK）已知占MODY病例的90％以上(49)。到目前为止，从这14个切入点开始，从149个出版物中选择了483种蛋白质相互作用MODY网络。
FA和MODY通过生物医学数据翻译器计划开发的预测计算方法的输入和基准
3.BioGRID促进与模型生物数据库和元数据库资源的合作BioGRID广泛传播记录
4.遗传相互作用数据
各种遗传相互作用术语用于协调和统一不同模式的生物研究，BioGRID与WormBase合作开发了新的标准化遗传相互作用结构术语或GIST。GIST通用遗传相互作用术语精确指定了遗传相互作用，并得到了其他模式生物的支持，包括SGD，CGD，PomBase，ZFIN，FlyBase和TAIR。在不同的生物模式下实施GIST它将有助于解释遗传相互作用，并整合大量跨多个物种的遗传相互作用数据。
5.药物相互作用数据
BioGRID已合并了DrugBank中的化学-蛋白质相互作用记录现在手动管理小分子-基因和-蛋白质的相互作用。检索匹配主要药物相互作用数据库的内容，包括DrugBank，BindingDB，CTD，PharmGKB，ChEMBL确定每种资源共享的字段。BioGRID已从DrugBank导入药物靶点数据记录，包括> 10 560个实验已获批准>来自21种生物的5035个小分子和2527个蛋白质靶标，包括人类， 490种蛋白质，涉及27 785种化学相互作用，HIV-1，白念珠菌和大肠杆菌。
6.CRISPR/CAS9数据
为了整合多个模型生物CRISPR建立筛选数据集CRISPR数据存储单元Open Repository for CRISPR Screens (ORCS) within BioGRID(https://orcs.thebiogrid.org)
BioGRID提供CRISPR数据包括sgRNA库名称，Cas9变体（CRISPRn，CRISPRi，CRISPRa），方法、酶、细胞系、细胞类型、生物学、实验设置、持续时间、选择条件、筛选类型、表型、通量、筛选格式 、评分类型、分析方法和显著阈值
迄今为止，BioGRID ORCS对来自36种研究的人和小鼠细胞系的505套数据进行了注释，共有14种不同的统计方法。
二、数据库页面及数据下载介绍：
1. 直接搜索主页
输入基因或蛋白质标识符：
image.png结果页面：
(1)提供该基因涉及的内容GO生物学过程、功能和细胞组分
(2)蛋白质的互作数据可以直接下载
（3）统计每种相互作用类型的数目和比例
(4)展示详细的互示
(5)互作网络显示
(6)药物互作
(7)转录后修改位点
image.png
image.png
image.png
image.png2.数据下载
image.png(1)当前版本:我们交互数据的最新版本。
(2)之前的版本:上个月的交互数据集。
(3)发布存档:不再支持的淘汰数据集。
(4)已发布的数据集:与已发表文章对应的数据集。
(5)其他数据集:各种用途的随机数据集。
(6)最新版本:本目录中的所有文件均为LATEST以允许脚本式下载而不是版本号命名
(7)外部数据库构建:专门为其他数据库构建的数据集链接到BioGRID数据。
（8）Cytoscape插件：BioGRID用于创建团队Cytoscape插件和软件工具
最新版本是BioGRID发表的3.5.177版本的数据。
截至2019年5月25日，最新版本更新。如果你想使用它。BioGRID当数据开始一个新项目时，强烈建议使用最新版本的数据文件，即CURRENT RELEASE目录数据集
Current Release目录：
image.png3.工具
相关资源链接：
（1）BioGRID ORCS
（2）PhosphoGRID :酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）5000多个特定磷酸化残有5000多个特定的磷酸化残留。每个网站都记录了具有实验证据代码的层次结构
（3）Yeast Kinome :酵母激酶-酿酒酵母激酶和磷酸酶相互作用组（KPI）资源。（4）Pathway Commons：收集各种生物的公共通道。
（5）iRefWeb :将来自不同数据库的交互记录分组成单个非冗余视图。
可视化工具：
（1）Osprey：网络可视化系统-Osprey是复杂交互网络可视化的软件平台。Osprey利用BioGRID维护的基因本体（GO）注释的交互数据构建了数据丰富的图形表示。
（2）Cytoscape：它是一个可视化分子相互作用网络的开放源代码生物信息学软件平台，并将这些相互作用与基因表达谱相结合。
（3）NDex-NDEx：该项目提供了一个开放的源代码框架，科学家和组织可以共享、存储、操码框架。
（4）Prohits-Viz：一套用于分析和可视化屏幕和蛋白质-蛋白质相互作用数据的网络工具
（5）GeneMANIA：使用大量的功能相关数据来找到与一组输入基因相关的基因。
（6）esyN：在线交互网络显示与主要数据库集成，因此在构建网络时可以自动检索数据。
image.png文献来源：
Oughtred,R.,Stark,C.,Breitkreutz,B. J.,Rust,J.,Boucher,L.,Chang,C.,et al.(2018). The BioGRID interaction database: 2019 update. Nucleic Acids Res. 47,D529–D541. doi: 10.1093/nar/gky1079
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